Научная библиотека Национального музея искусств имени Богдана и Варвары Ханенко была основана четой Ханенко в 1870-х годах. Это один из немногих украинских частных книжных собраний XIX - нач.ХХ в., что в целостном виде дошло до наших дней.  

    Богдан Иванович и Варвара Николивна - коллекционеры, меценаты, основатели художественного собрания были высокоинтеллектуальными личностями, людьми неравнодушными к истории и культуре. Подбор литературы в библиотеки Ханенко отражал их художественные вкусы, коллекционерские и профессиональные интересы.

    Книжное собрание Богдана Ивановича и Варвары Николивны Ханенко было признано лучшим среди частных собраний того времени. Свое художественное частное собрание и многотомную библиотеку вместе с имением Ханенко завещали городу Киеву. Уже в 1919 г. музейная библиотека открыла свои двери для всех желающих. К тому времени она была единственной доступной в Киеве для студентов и молодых художников.

     Благодаря широким интересам Богдана Ивановича и Варвары Николивны Ханенко сохранились до наших дней подборки периодических изданий и журналов: «Известия Императорской археологической комиссии», «Труды ХІ археологического съезда в Киеве», «Вестник изящных искусств, издаваемых при Императорской Академии Художеств», «Художественные сокровища России», «Мир искусства», «В мире искусства», « Искусство и художественная промышленность», «Аполлон», «Золотое руно», «Киевская старина», «Старые годы», «The studio» и др.. Эти издания начала 20 века являются свидетельством участия произведений из коллекции Ханенко на выставках в Киеве, Петрограде и Москве, преимущественно благотворительных.

        Особую ценность составляют экземпляры из частной библиотеки супругов с экслибрисами, печатями и собственноручными пометками владельцев, дарственными надписями известных коллекционеров и деятелей культуры.   

         Не менее важные издание большой научной и художественной ценности, изданы ограниченным тиражом. Среди них «L'oeuvre complet de Rembrandt», подготовленное Вильгельмом Боде в 8 книгах. Тираж этого издания всего 215 экземпляров, музейный экземпляр под № 89. В музейной библиотеке хранится также экземпляр выдан небольшим тиражом 5 томов «Русские портреты ХVIII и XIX столетий».

     За годы существования Музея как государственного учреждения (с 1919 г.) его библиотеку пополняли новые поступления, а также подарки известных коллекционеров и деятелей культуры, в частности В. Щавинского, Л. Добровольского, Т. Жаспар, М.Лобанова-Ростовского и многих других.

     Сейчас библиотечный фонд составляет около 25 тысяч книг и журналов, большинство - иностранные языки.