Богдан Іванович Ханенко народився 23(11) січня 1849 року в селі Лотоки Суразького повіту Чернігівської губернії (нині Брянська область Російської Федерації) в родині колезького секретаря Івана Івановича Ханенка. Коріння цього відомого українського дворянського роду походить від козака запорозького війська Степана Ханенка, який жив на початку XVII століття. Серед предків Богдана Івановича були уславлені представники українського козацтва, політики, зокрема, гетьман Правобережної України Михайло Ханенко, служителі церкви, реформатори, освітяни, культурні діячи. Середню та вищу освіту Богдан Ханенко здобув у Москві - спочатку у Першій гімназії, потім на юридичному факультеті університету. Завершив він навчання 1871 року зі званням кандидата прав. 1873 року Богдан Ханенко переїздить до Петербурга, де починає службу у департаменті юстиції. 1874 року одружується з Варварою Николівною Терещенко. 

    Варвара Николівна народилася 9 серпня 1852 року у м. Глухові в родинному маєтку Терещенків, була старшою донькою відомого підприємця, "цукрового короля", мецената, колекціонера Николи Артемовича Терещенка. Одержала домашню освіту, цікавилася, як і батько, мистецтвом.

  Проживаючи у Петербурзі, Богдан Іванович захопився колекціонуванням художніх творів, вивчав історію мистецтва, бував на виставках, багато часу проводив у Ермітажі. 1876 року Ханенка призначають членом окружного суду у Варшаві. Подружжя виїздить до Польщі. Маючи змогу відвідувати країни Європи, Ханенки знайомились із музейними колекціями, купували художні твори. У 1881 році Богдан Іванович виходить у відставку, щоб присвятити себе просвітництву і мистецтву.

   Оселившись у Києві, подружжя Ханенків безпосередньо вплинуло на розвиток культурної ситуації міста та розбудову музейної справи. Діяльність Богдана Івановича у Києві поширювалась у кількох напрямках: сільськогосподарське і промислове підприємництво, фінанси, державна законотворчість, благодійництво, охорона здоров'я, народна освіта, історія, мистецтво; був членом Державної Думи Росії від промисловців.

   Діяльність Богдана Івановича на культурній ниві була надзвичайно багатогранною. Зокрема, появі в Києві першого публічного музею завдячуємо Ханенкові (нині Національний художній музей України). Петербурзька Академія Мистецтв, Імператорське археологічне товариство та Антропологічне товариство у Парижі визнали високий авторитет Ханенка як блискучого знавця мистецтва і старожитностей.